Atkinson, anak bongsu dari empat beradik yang semuanya lelaki, dilahirkan di Consett, County Durham, England, pada 6 Januari 1955.[6][7][8][9]

Bapanya ialah Eric Atkinson, seorang penternak dan pengarah syarikat dan ibunya ialah Ella May (née Bainbridge), yang berkahwin pada 29 Juni 1945.[9] Tiga abang sulungnya ialah Paul, yang meninggal dunia semasa bayi; Rodney, seorang ekonomis Euroskeptik yang kalah dalam pilihanraya kepimpinan Parti Kemerdekaan United Kingdom pada 2000; dan Rupert.[10][11]

Atkinson dibawa ke Anglika,[12] dan belajar di Sekolah Durham Choristers, Sekolah St. Bees dan Universiti Newcastle, di mana beliau menerima ijazah dalam Kejuruteraan Elektrik.[13] Pada 1975, beliau menyambung ijazah MSc dalam Kejuruteraan Elektrik di The Queen's College, Universiti Oxford, kolej yang sama yang mana bapanya mendapat matrikulasi pada 1935,[14] yang menjadikan Atkinson menerima Felo Kehormat pada 2006.[15]

Pertama kali memenangi perhatian kebangsaan dalam Oxford Revue di Edinburgh Festival Fringe pada Ogos 1976,[13] beliau telahpun menulis dan mempersembahkan lakaran awal untuk persembahan di Oxford by the Etceteras – kumpulan revu dari Experimental Theatre Club (ETC), dan untuk Persatuan Dramatik Universiti Oxford (Oxford University Dramatic Society; OUDS), bertemu dengan penulis Richard Curtis,[13] dan komposer Howard Goodall. Malah, sehingga kini mereka masih lagi bekerjasama.